Фамилия Шушмаркина — женская форма фамилии Шушмаркин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именованием предка-мужчины. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Шушмаркин», то есть сын или потомок Шушмарки. Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ с основой на -а, -я.

Корень фамилии — «шушмарк» — звучит необычно и явно не книжного происхождения. Скорее всего, это прозвище, образованное от диалектного или просторечного слова. Наиболее вероятная версия связывает его с глаголом «шушукать» (шептаться, говорить тихо) или «шушкать» (в некоторых говорах — шуршать, возиться). Суффикс -арк- мог придавать прозвищу оттенок носителя действия: «шушмарка» — тот, кто постоянно шепчется, ведет себя скрытно или суетливо. В ономастике известны похожие модели: Шушков, Шушпанов, Шушарин. Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями (например, от «шуш» — тихий, спокойный), однако для центральнорусских фамилий такая основа встречается реже.

Географически фамилия Шушмаркиных встречается нечасто. Основные очаги расселения — центральные и северные области России, особенно Вологодская и Архангельская губернии, где диалектная лексика богата на подобные звукоподражательные прозвища. В этих краях «шушмаркой» могли называть не только шептуна, но и человека, который носит старую, шуршащую одежду или занимается мелким ремеслом, связанным с возней (например, плетением корзин или починкой сетей). Таким образом, предок Шушмаркин мог быть ремесленником или крестьянином, чья манера поведения или работы дала повод для столь выразительного прозвища.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от мирских имён или названий профессий, Шушмаркина — яркий пример прозвищной фамилии, где слово не утратило своей образности. Она не связана с церковными именами или географическими названиями, а целиком отражает бытовую наблюдательность русских крестьян. В дореволюционных переписях эта фамилия фиксировалась в основном среди крестьянского сословия, что подтверждает её народное, «уличное» происхождение.