Фамилия Шутагина — женская форма фамилии Шутагин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шутага. Это слово, скорее всего, связано с глаголом «шутить» или существительным «шут». Однако напрямую называть предка шутом или балагуром было бы упрощением. В старину прозвища с корнем «шут-» часто давали не за веселый нрав, а по другой причине: так могли назвать младшего ребенка в семье, родившегося «на шутку», то есть неожиданно, когда его уже не ждали. В некоторых говорах «шутом» называли также чучело, пугало или нечто нелепое — прозвище могло закрепиться за человеком с необычной внешностью или поведением.

Суффикс -аг(а) в слове «Шутага» — редкий и выразительный. Он характерен для северных и северо-восточных русских говоров (например, «бедняга», «работяга»), но в прозвищах встречается нечасто. Прибавление этого суффикса к корню «шут» давало слову оттенок скорее жалости или снисходительности, чем насмешки: Шутага — это не столько профессиональный шут, сколько человек, над которым подшучивают или который сам по себе вызывает улыбку. Фамилии на -ин (Шутагин) в русской традиции означают принадлежность: «чей?» — «сын Шутаги». То есть Шутагины — потомки человека по прозвищу Шутага.

Географически фамилия Шутагин встречается в основном в центральных и северных областях России, но не массово. Встречаются варианты написания через «о» — Шутагин, но это уже результат аканья на письме. Родственными можно считать фамилии Шутин, Шутов, Шуткин, но у них другая словообразовательная модель — без редкого суффикса -аг-. Именно этот суффикс делает Шутагина более уникальной: она указывает не просто на шутовство, а на конкретное локальное прозвище, которое вряд ли было распространено повсеместно.