Фамилия Шуйма — редкий пример, когда географическое название стало прозвищем, а затем фамилией, причём без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Основа здесь — гидроним Шуя (название реки в Ивановской и Вологодской областях) и одноимённый город в Ивановской области. Форма Шуйма появилась как вариант названия жителя или выходца с этих земель: «шуянин» → «шуйма». Такое усечение — нестандартный способ словообразования для фамилий, он встречается в северных и северо-западных говорах.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с прибалтийско-финским субстратом. В карельском и вепсском языках есть слово šuima — «гнилой, затхлый», которое могло стать прозвищем человека с неопрятным видом или живущего у болотистой воды. Однако для русской фамилии первая версия выглядит убедительнее: Шуя — хорошо задокументированный топоним, а суффикс -ма встречается в прозвищах от географических названий (ср. фамилии Вязьма, Клязьма).

Фамилия Шуйма — преимущественно севернорусская. Её носители встречаются в Архангельской, Вологодской областях и в Карелии. В XIX веке она фиксировалась в основном среди государственных крестьян и мещан — сословий, где фамилии часто закреплялись именно по месту прежнего жительства, а не по роду занятий.

Интересно, что фамилия избежала типичного для русских фамилий окончания на -ин (Шуймин) или -ский (Шуйский). Отсутствие суффикса делает её похожей на прозвище, которое так и осталось в исходной форме. Встречается также вариант написания Шуйма с ударением на первый слог, что подтверждает связь с топонимом Шуя (ударение на первый слог).