Фамилия Шуюпов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ин, зато есть -ов, что указывает на образование от существительного или прозвища, оканчивающегося на твёрдый согласный. Но какое слово лежит в основе — вопрос.

Самый вероятный источник — тюркское прозвище. В башкирском, татарском и казахском языках есть корень «шуй» или «шуйып», который может означать «скользкий», «ускользающий» или «ловкий». В переносном смысле так могли назвать изворотливого, хитрого человека или того, кто умел уходить от опасности. Суффикс -ов в таком случае просто русифицировал тюркское прозвище, что часто происходило в XVI–XIX веках, когда татары, башкиры и другие народы Поволжья и Урала переходили в православие и получали фамилии по отцу.

Есть и другая, менее убедительная версия: связь с диалектным русским словом «шуйца» — левая рука. От него образованы фамилии Шуйский, Шуйцев. Но «Шуюпов» из этого ряда выбивается: суффикс -уп нехарактерен для русской антропонимии, и появление такого варианта от «шуйца» маловероятно. Скорее всего, это случайное созвучие.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану — регионам, где веками жили тюркские народы в тесном контакте с русскими. В дореволюционных переписях Шуюповы встречаются среди крестьян и казаков, что подтверждает бытовое, а не дворянское происхождение.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Ближайшие аналоги — Шуйков, Шуйкин, но они образованы от других основ. Это делает Шуюповых носителями уникального прозвищного имени, которое, скорее всего, так и осталось в узком семейном кругу, не распространившись за пределы одного рода.