Фамилия Шынарап — редчайший случай для русской ономастики. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а транслитерация или запись фамилии тюркского или монгольского происхождения кириллицей. В русском языке нет корня «шынар-» и суффикса «-ап». Это ключевой момент: искать здесь славянское прозвище или профессиональное имя бесполезно.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к казахскому или алтайскому «шынар» (чинар, чинара) — дерево платан, восточный клён. В тюркских языках «шынар» также означает «крепкий, могучий, как дерево». Окончание «-ап» может быть искажённым вариантом тюркского аффикса принадлежности или частью сложного имени. Например, «Шынарап» могло быть прозвищем человека, жившего возле чинары, или именем-пожеланием «будь могучим, как чинар». В алтайской ономастике встречаются фамилии с похожей структурой, образованные от названий деревьев.

Другая, менее правдоподобная гипотеза — связь с бурятским или монгольским «шангарап» (светлый, ясный), но написание «Шынарап» с твёрдым «ы» и «а» указывает скорее на казахскую или киргизскую среду. Фамилия могла быть русифицирована при записи в метрические книги или паспорта в XIX–XX веках, когда носители переселялись в русскоязычные регионы.

Поскольку фамилия не имеет славянской модели образования, говорить о сословной принадлежности предков (крестьяне, дворяне) некорректно. Скорее всего, первые носители были кочевниками или жителями предгорий Средней Азии и Южной Сибири. В современной России фамилия встречается единично, преимущественно в этнически смешанных семьях.