Фамилия Сибуканова — женская форма, а её мужской вариант — Сибуканов. В русской ономастике такие фамилии обычно образуются от прозвищ или имён, и здесь ключ к разгадке лежит в основе «Сиб-», которая сразу выдаёт вероятное географическое происхождение. Основа фамилии — «Сибукан» — скорее всего, восходит к названию сибирского региона. В русских говорах и исторических документах слово «Сибирь» и производные от него (сибиряк, сибирка) часто усекались или искажались в бытовой речи. Форма «Сибукан» могла быть прозвищем человека, пришедшего из Сибири или имевшего с ней прочную связь — например, торговца пушниной, ссыльного, вернувшегося после каторги, или переселенца.

Суффикс «-ан» в основе (Сибук-ан) характерен для русских прозвищ и фамилий, часто придаёт оттенок просторечия или уменьшительности: так могли назвать «сибиряка» в шутку или с пренебрежением, но со временем прозвище закрепилось. Менее вероятна, но возможна версия о тюркском корне: в некоторых тюркских языках «сибу» или «сибук» может означать «любимый» или «милый», но такая этимология для фамилии с типично русским суффиксом «-ов» выглядит натянутой и не подтверждается массовым бытованием.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Сибуканов/Сибуканова образована по стандартной русской схеме: основа (прозвище Сибукан) + патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Сибукана). Географически фамилия редкая, её очаги следует искать на Урале и в Западной Сибири — в регионах, где в XVII–XIX веках активно смешивались переселенцы из центральной России и коренные народы. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) эта фамилия не упоминается, что говорит о её локальном, нешироком распространении. Скорее всего, предки носителей фамилии — крестьяне или казаки, осваивавшие сибирские земли, а само прозвище закрепилось за одним конкретным родом.