Фамилия Сибукаев — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее, чем разбор корня. Носители этой фамилии почти поголовно живут в одном регионе — в Мордовии и соседних областях (Нижегородская, Пензенская, Ульяновская). Это сразу указывает на этническую основу: фамилия, скорее всего, мордовская (эрзянская или мокшанская), а не русская по происхождению. Русский суффикс -ев здесь наложился на нерусскую основу, что типично для фамилий народов Поволжья, оформленных по великорусской модели.

Корень Сибук- восходит к мордовскому личному имени или прозвищу. В эрзянском языке есть слово «сибук» — «густой, частый», также «сильный, могучий». Имя могло даваться ребёнку с пожеланием физической силы или густоты волос (сравните с русским прозвищем Кудряш). Вторая версия — от тюркского «сибук» (вариант «чибук», «чубук»), что значит «прут, хворостина», но для Мордовии это объяснение менее вероятно: тюркские заимствования в личных именах мордвы редки и обычно относятся к более позднему периоду.

Фамилия образована по типичной для XVI–XVII веков схеме: к основе Сибук добавили патронимический суффикс -ев (чей? — Сибукаев сын). Первоначально это было отчество: Сибукай — разговорная форма имени Сибук с уменьшительным -ай (как Михай от Михаил, Гуляй от Гуля). Со временем отчество застыло в фамилии. В документах XVIII века могли писать «Сибукаев» через «а» или «о» (Сыбукаев), но единого стандарта тогда не было.

Сословный состав носителей — почти сплошь государственные крестьяне. Дворянских родов Сибукаевых не известно. В ревизских сказках XIX века фамилия встречается в селах Ардатовского уезда Симбирской губернии (ныне Мордовия) — там предки были, скорее всего, пахарями или бортниками, поскольку Мордовия была зоной традиционного бортничества. Если искать однокоренные фамилии, то это Сибуков (с суффиксом -ов) — более распространённый вариант, встречающийся у русских на Урале, но там уже другое происхождение (от диалектного «сибук» — нелюдимый человек). Сибукаев же — однозначно мордовский след.