Фамилия Сиддикходжаев — редкий случай в русском ономастиконе: она не славянская, а тюркско-персидская, причём сложносоставная. Её основа — два слова: «Сиддик» и «ходжа». Первое восходит к арабскому «сиддик» (صِدِّيق) — «правдивый», «честный», «верный». В исламской традиции это один из эпитетов пророка Мухаммеда, а также прозвище первого халифа Абу Бакра, получившего его за непоколебимую веру. Второй элемент — «ходжа» (перс. خواجه) — означает «господин», «хозяин», «наставник», а в Средней Азии — потомка пророка или религиозного авторитета.

Модель образования фамилии типична для узбекского и таджикского имясловия: к личному имени или прозвищу (Сиддикходжа) добавляется русский суффикс -ев, который в советское время массово прикрепляли к местным фамилиям для унификации документов. Иными словами, исходное имя Сиддикходжа означало «правдивый ходжа» или «верный наставник» — скорее почётное прозвище, чем имя при рождении. Носитель такого имени, вероятно, происходил из семьи духовных лиц (ходжей) или получил его за благочестие.

Географически фамилия привязана к Узбекистану, реже — к Таджикистану и южным областям Казахстана. Встречается она нечасто: по открытым данным, в России её носят единицы, в основном потомки переселенцев из Средней Азии. Сословно предки Сиддикходжаевых, скорее всего, принадлежали к духовенству или купечеству — ходжи часто занимались торговлей и религиозным образованием. В советское время фамилия потеряла сословную окраску, но сохранила арабско-персидский корень, который сразу выдаёт культурные корни.

Любопытная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий на -ев, у Сиддикходжаева не отсекли второй компонент. Сравните с фамилией Сиддиков — там основа усечена до одного слова. Полная форма «Сиддикходжаев» говорит о том, что предок нёс составное имя целиком, а не сокращённый вариант. Это редкий пример, когда документы зафиксировали многосложное прозвище без упрощения.