Фамилия Сидикходжаева — одна из тех, что безошибочно указывает на происхождение из Центральной Азии, скорее всего, из Узбекистана или Таджикистана. Её основа — сложное имя Сидикходжа, где первая часть «Сидик» восходит к арабскому «ас-Сидик» (правдивый, верный) — один из эпитетов пророка Мухаммеда, а вторая «ходжа» — уважаемый титул, обозначающий потомка пророка или духовного наставника. Таким образом, исходное имя Сидикходжа можно перевести как «правдивый ходжа» или «верный наставник».

Женская форма «Сидикходжаева» указывает на то, что носительница — дочь или жена человека по имени Сидикходжа. В русской традиции, которая закрепилась при оформлении документов в советский период, фамилии от восточных имён часто получали окончание -а/-я по аналогии с русскими фамилиями. Мужской вариант — Сидикходжаев.

Интересная деталь: фамилия образована не от прозвища или профессии, а от полного составного имени. В исламской ономастике такие двусоставные имена с титулом «ходжа» были распространены среди духовенства и купечества. Предки носителей фамилии, скорее всего, принадлежали к уважаемым слоям общества — могли быть религиозными деятелями, учителями или зажиточными торговцами, связанными с шелковыми путями Средней Азии. Встречается фамилия и в Казахстане, и в Киргизии, но её ядро — регионы с сильным влиянием исламской учёности, такие как Ферганская долина, Бухара или Самарканд.

С точки зрения словообразования, это типичная патронимическая фамилия, но с необычной для русского уха длиной и арабско-персидскими корнями. Сравните с однокоренными, но более простыми формами: Ходжаев, Сидиков. Сидикходжаева — пример того, как в одной фамилии сплелись два сакральных для ислама понятия, что делает её не просто родовым именем, а своего рода мини-биографией предка.