Фамилия Сидходжаев — яркий пример того, как в одной фамилии сплелись арабская и тюркская традиции. Её основа — составное мужское имя Сидходжа, которое делится на две части. Первая, «Сид», восходит к арабскому «саййид» (господин, потомок пророка Мухаммеда). Вторая, «ходжа», — тюркское слово, означающее «хозяин», «наставник» или «господин». Двойное именование, где обе части значат почти одно и то же («господин-господин»), — распространённый в Средней Азии приём усиления почтительности. Такое имя могли дать в семье, подчёркивающей своё уважаемое происхождение.

Русский суффикс -ев, образующий фамилию, указывает на принадлежность: «чей?» — Сидходжаев, то есть потомок Сидходжи. Это типичная модель для адаптации восточных имён в русской среде. Фамилия закрепилась в среде узбеков, таджиков и других народов Средней Азии, где имена с элементом «ходжа» были особенно распространены среди потомков духовных лиц и купцов.

Стоит обратить внимание на окончание. Фамилия пишется через «е» — Сидходжаев, а не через «о» (Сидходжаов). Это не случайность: суффикс -ев присоединяется к основам на мягкий согласный или на «й» (в данном случае «дж» — аффриката, которая в русской графике ведёт себя как мягкая). Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, мы бы видели фамилию вроде Сидходжаов, но история выбрала вариант с «е».

Носитель фамилии Сидходжаев, скорее всего, происходит из семьи, где предки носили почётное именование, связанное либо с религиозным авторитетом (саййид), либо с социальным статусом (ходжа). Географически фамилия чаще всего встречается в Узбекистане, Таджикистане и в среде выходцев из этих регионов в России. Других версий происхождения, которые бы серьёзно конкурировали с этой, нет — корень прозрачен и хорошо документирован в ономастике Средней Азии.