Фамилия Саидходжаев образована от древнетюркского имени Саидходжа. Оно, в свою очередь, является двусоставным и восходит к двум именам. Первое – арабское религиозное имя Саид, которое в переводе на русский язык означает «руководитель; властелин, повелитель; хозяин, господин». Второе имя – Ходжа - с древнеиранского переводится как "господин, наставник", в персидском имеет множество значений: хозяин, учитель и т. д.; в текстах XIII— XIV вв. чаще всего встречается значение "чиновник"; с этим словом совпала персидская передача тюркского слова "коджа" старик. Его присваивали себе также представители крупной буржуазии, суфийские шейхи в Средней Азии, на Индо-Пакистанском субконтиненте, в Иране. Таким образом, родители, нарекая ребенка этим именем, вероятно, желали ему стать хорошим руководителем, наставником для своих подчиненных. Таким образом, потомок человека, которого звали Саидходжа, со временем получил фамилию Саидходжаев.