Фамилия Сидоенко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко. В украинской ономастике суффикс -енко означает «сын» или «потомок», то есть Сидоенко буквально — «сын Сидора». Основа фамилии — крестильное имя Сидор, которое представляет собой народную форму канонического имени Исидор (от греческого «дар Изиды»). На Руси и в Украине имя было распространенным, особенно в казацкой среде, и давало жизнь множеству фамилий: Сидоренко, Сидоров, Сидорук, Сидорчук — и вот Сидоенко.

Модель образования здесь не самая частая. Обычно от имени Сидор образуют Сидоренко, а Сидоенко — результат фонетического упрощения: выпадение звука «р» в потоке речи. Такое явление встречается в южных и центральных говорах Украины, где сочетание «-ор-» в безударном положении могло редуцироваться. Поэтому Сидоенко — не ошибка и не редкий вариант, а живое диалектное произношение, закреплённое в фамилии.

Сословно фамилия не элитарная. Сидоенко — типичная крестьянская или казацкая фамилия: её носители, скорее всего, были свободными земледельцами или мелкими ремесленниками. В реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков встречаются как Сидоры, так и производные от них, но именно форма Сидоенко фиксируется в метрических книгах Полтавской, Черниговской и Харьковской губерний. Географически фамилия плотнее всего сидит на Левобережной Украине, особенно в бывших казацких полках.

Интересно, что фамилия сохранила старую модель именования: не по профессии или прозвищу, а по отцу. В условиях, когда фамилии только закреплялись, Сидоенко могло означать не столько род, сколько принадлежность к конкретному человеку — «внук Сидора» или «сын Сидора». Со временем это переросло в наследственную фамилию, но её прозрачная этимология до сих пор позволяет любому носителю догадаться, что его предок носил имя Сидор и жил, скорее всего, в украинском селе.