Фамилия Сидюркин образована от имени Сидюрка — уменьшительной формы канонического крестильного имени Сидор. В основе лежит греческое Исидор, что значит «дар Исиды», но в народной русской среде языческая богиня давно забылась, и имя осмыслялось просто как «подаренный». Суффикс -к- в имени Сидюрка указывает на ласкательное или обиходное обращение, а фамильный суффикс -ин стандартно обозначает принадлежность: «чей?» — Сидюркин, то есть сын или потомок Сидюрки.

Интересна огласовка корня. В отличие от распространённого Сидоркин, где ударный слог — «до», вариант Сидюркин несёт на себе явный южнорусский или украинский отпечаток. В говорах, где «о» в безударном положении склонно к «у» или «ю» (так называемое «уканъе»), имя Сидор звучало как Сидур, а уменьшительная форма превращалась в Сидюрка. Поэтому фамилия Сидюркин наиболее характерна для областей бывшего Черниговского, Курского или Воронежского наместничеств — зоны смешения великорусских и малорусских говоров.

Редкость фамилии объясняется тем, что она не попала в число массовых «сидорских» фамилий, которые закрепились за многочисленными крестьянами, носившими имя Сидор в его стандартной форме. Сидюркин — более локальный вариант, сохранивший живую диалектную черту. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, а само прозвище Сидюрка давали человеку небольшого роста или младшему в семье — таков был типичный для русской деревни способ различать тёзок.

В написании фамилии иногда встречается путаница: через «и» в первом слоге (Сидуркин) или с двойным «ю» (Сидююркин), но исторически верная форма — через «ю» после «д», что прямо отражает произношение. Словари русских фамилий, например труд Б. Унбегауна, упоминают Сидоркина как основную модель, оставляя Сидюркина в разряде редких диалектных ответвлений.