Фамилия Сиконенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в казацкой среде Левобережной Украины. Суффикс -енко изначально указывал на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. То есть Сиконенко — «сын Сикона» или «потомок Сикона».

Основа фамилии — Сикон — скорее всего, прозвище. Его происхождение неочевидно, и здесь возможны два основных варианта. Первый: от тюркского слова «сык» (в разных диалектах — «плотный», «густой», «крепкий») или от тюркского имени с похожим корнем. В степных регионах Украины, где контакт с тюркскими народами (ногайцами, татарами) был обычным делом, такие прозвища не редкость. Второй вариант: от украинского диалектного «сикати» — «брызгать», «мочиться», что могло дать прозвище шаловливому ребенку или человеку с недержанием. Это менее вероятно для фамилии, но полностью исключать бытовые прозвища в крестьянской среде нельзя. Третий, самый простой вариант: Сикон — это форма имени Сидор (через уменьшительное Сико). В украинской ономастике часты случаи, когда полное имя сокращали до основы, а затем добавляли -енко.

Географически фамилия Сиконенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Сумщине. На западе Украины она практически не встречается, что подтверждает её связь с казацкой традицией фамилий на -енко. В России фамилия редка и появлялась, скорее всего, в ходе миграций украинских крестьян в XVIII–XIX веках на Кубань, Дон и в Сибирь.

Сословно носители фамилии Сиконенко почти наверняка были из казаков или государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — суффикс -енко в российской геральдике почти не встречается. Таким образом, предки современных Сиконенко — люди, жившие на Украине в XVII–XVIII веках, носившие прозвище Сикон, которое затем закрепилось как родовое имя.