Фамилия Синектутов — одна из тех, где корень на первый взгляд прозрачен, а на деле ставит в тупик. Если разбить её на части, сразу бросается в глаза первая половина «сине-», которая обычно указывает на цвет (синий). Однако вторая часть, «-ктут-», в русском языке не встречается ни как самостоятельное слово, ни как диалектный корень. Это главная загадка фамилии.

Скорее всего, перед нами не исконно русское прозвище, а адаптированная иноязычная основа. Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках есть корень «синек» (sinek), что значит «муха», «комар» или вообще мелкое насекомое. Суффикс «-ут» в тюркских языках может образовывать прилагательные или существительные со значением свойства. Таким образом, «синектут» могло означать «тот, кто связан с мухами» — например, надоедливый человек, или, наоборот, ловец мух, или человек с быстрыми, «мушиными» движениями. Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или других тюркских народов Поволжья, а затем, при переходе в русскую среду, получила типичный русский суффикс принадлежности «-ов». То есть Синектутов — это «сын Синектута».

Вторая версия, менее правдоподобная, но имеющая право на существование, — искусственное происхождение. В XIX веке в духовных семинариях часто давали фамилии по принципу благозвучия или кальки с греческого. «Синектутов» могло быть переосмыслением греческого слова «синектикос» (соединяющий, связующий) или латинского «синектура» (синекура, доходная должность). Однако для этого нет прямых исторических свидетельств, а тюркская версия объясняет и необычное сочетание звуков, и суффикс.

Фамилия очень редкая. Географически она, по данным современных открытых списков, встречается в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает версию о тюркском корне. Известных исторических носителей этой фамилии нет, что типично для поздних крестьянских или мещанских фамилий, не попавших в дворянские родословные книги. Социально предки Синектутовых, скорее всего, были выходцами из непривилегированных сословий, а сама фамилия закрепилась в XIX веке при массовой паспортизации населения.