Фамилия Синекин — редкий случай, когда основа настолько прозрачна, что может сбить с толку. Кажется, что корень «син-» прямо указывает на цвет, но тут как раз нужна осторожность. В русских фамилиях прилагательное «синий» почти никогда не давало прямых прозвищ по цвету волос или глаз — скорее, по предмету или явлению. Синекиным могли назвать человека, который носил синюю одежду, красил ткани, или того, у кого была синяя изба (например, выкрашенный фасад). Но есть и другая, более вероятная версия.

Словообразовательная модель подсказывает, что перед нами типичная «ин»-фамилия, образованная от прозвища или мирского имени с суффиксом -ек- (Синека). В старину «синека» на русском Севере и в Сибири могли называть человека с синеватым отливом кожи или родимым пятном, но чаще — иронично, в насмешку над бледностью или, наоборот, над синяками. В ономастике известен принцип: фамилии на -ин часто шли от названий животных, птиц или характерных примет, где суффикс -к- уменьшительный или пренебрежительный. Синека — это не «синий», а «синенький», «синеватый», то есть прозвище по внешнему признаку, которое потом закрепилось за потомками.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Синека в Вятском крае и на Урале, но документальных подтверждений перехода именно в фамилию Синекин мало. По данным современных исследований, фамилия редкая и не имеет дворянских корней — её носители почти наверняка были крестьянами или посадскими людьми. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на географическое название, Синекин — чисто прозвищная, «домашняя» фамилия.

Любопытно, что в некоторых говорах слово «синека» означало не только цвет, но и сорт рыбы (синец), а также растение-синеголовник. Если предок был рыбаком или знахарем, прозвище могло возникнуть и от этого. Но самая правдоподобная версия — прозвище по цвету одежды или кожи, которое со временем потеряло связь с первоначальным смыслом. Сегодня фамилия Синекин встречается единично, в основном в Поволжье и Западной Сибири, что подтверждает её локальное происхождение.