Фамилия Синегин происходит от топонима Синегово: такое название носит деревня в Стародорожском районе Минской области Беларуси. Таким образом, прозвище Синега, легшее в основу данной фамилии, указывало на место жительства предка обладателя фамилии Синегин: он был уроженцем этого населенного пункта.