Фамилия Синегубкин образована от прозвища Синегубка. Оно, в свою очередь, состоит из двух основ: «синий» и «губки». Таким образом, можно предположить, что это прозвище дали основателю рода из-за особенностей его внешнего вида. Вероятно, у него была бледная кожа и всегда синие (то есть замерзшие) губы. Не исключено, что предок Синегубкиных любил принимать участие в различных драках, поэтому он нередко ходил с разбитыми губами. Так и прозвище Синегубка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Синегубкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Синегубка, со временем получил фамилию Синегубкин.