Фамилия Синегубкин образована от прозвища Синегубка, которое состоит из двух основ: «синий» и «губки». Чаще всего такое прозвище закреплялось за человеком из-за внешности: бледная кожа и постоянно синие, словно замерзшие, губы. В северных и центральных русских говорах подобные прозвища не были редкостью — они подмечали самую заметную черту облика и не несли в себе насмешки, а служили практичным способом отличить одного человека от другого в деревне, где многие носили одинаковые имена.

Но есть и другая, более житейская версия. Синегубкой могли прозвать драчуна, который часто ходил с разбитыми губами. В среде, где кулачные бои считались обычным делом, такая примета быстро прилипала к человеку и становилась его постоянным именованием. Обе версии правдоподобны, и обе ведут к одному выводу: прозвище дали по внешнему признаку, который бросался в глаза окружающим.

Сама модель образования фамилии типична для русской ономастики. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Синегубкин значит «сын Синегубки». Такой способ именования широко использовался в XVI–XVII веках, когда фамилии только начинали закрепляться за родами. Прозвище Синегубка, скорее всего, относилось к человеку незнатному, поскольку в дворянской среде предпочитали фамилии на -ский или образованные от крестильных имен. А вот в крестьянской и посадской среде прозвищные фамилии, подмечавшие внешность или поведение, встречались сплошь и рядом.

Интересно, что фамилия Синегубкин не получила широкого распространения и осталась довольно редкой. Это объясняется тем, что прозвище возникло локально, в одной местности, и закрепилось за потомками конкретного человека. В отличие от фамилий, образованных от имен или профессий, такие «прозвищные» фамилии реже выходили за пределы своего региона. Поэтому сегодня носители фамилии встречаются в основном в центральной России, хотя точную географию расселения рода проследить сложно.

Ударение в фамилии падает на последний слог — Синегу́бкин, что тоже характерно для прозвищных фамилий, где основа теряет свою самостоятельность и подчиняется общим правилам произношения. В написании фамилия сохранила исходную форму прозвища без изменений, что позволяет легко восстановить её этимологию даже без специальных знаний.