Фамилия Синегубкина — женская форма фамилии Синегубкин, и её разбор стоит начать не с корня, а с редкости суффиксальной модели. В русских фамилиях распространены суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский. А вот -к-ин — вариант нечастый. Он образуется от прозвищ или слов, оканчивающихся на -ка: Синегубка → Синегубкин. То есть сначала появилось прозвище Синегубка, а от него уже пошла фамилия.

Основа прозвища прозрачна: «синий» + «губа». В русской традиции составные прозвища по цвету и части тела нередко указывали на внешнюю примету. Синегубкой могли назвать человека с синюшными губами — от холода, болезни (например, порока сердца) или просто от природы. В крестьянской среде, где прозвища давали метко и без обид, такая деталь быстро закреплялась. Менее вероятна, но возможна версия, что прозвище носило ироничный характер: «синяя губа» как признак пьяницы (синюшность от алкоголя), но в быту это скорее было бы «Синяк» или «Синегуб», а форма с -ка уменьшительная, что смягчает негативный оттенок.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает редкость модели. Например, фамилия Синегубов (от Синегуб) встречается чаще, чем Синегубкин. Синегубкин — от Синегубки — более поздняя, «вторичная» форма, характерная для северных и центральных губерний России, где суффикс -к-ин активнее использовался в фамилиях от прозвищ на -ка (сравните: Бородкин, Шапкин).

О сословной принадлежности Синегубкиных сказать определённо сложно: такие фамилии бытовали и у крестьян, и у мещан. В документах XVIII–XIX веков фамилия могла записываться через «о» (Синегубкина) или с одним «н» — это зависело от грамотности писаря, а не от этимологии. Главное, что фамилия эта — не искусственная, не семинарская (в отличие от надуманных «Цветочкиных»), а живая, возникшая из бытового прозвища, и её носительница может считать, что её предок был человеком с яркой внешней приметой, которую не поленились закрепить в родовом имени.