Фамилия Синишина — женская форма фамилии Синишин, и её происхождение напрямую связано с суффиксальной моделью, которая встречается реже, чем массовые -ов и -ин. Здесь мы видим суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Синишин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Синиша. Но если бы основа была просто «Синица», фамилия звучала бы как Синицын. Суффикс -иш- в основе — это не опечатка и не диалектный вариант, а указание на уменьшительно-уничижительную или, наоборот, увеличительную форму.

В русских говорах суффикс -иш- мог придавать слову оттенок пренебрежения или, реже, увеличения. Синиша — это не «маленькая синица», а скорее «синица» с экспрессивной окраской, возможно, прозвище невысокого, суетливого или крикливого человека, которого сравнивали с этой птицей. В ономастике известны параллели: фамилии Воробьишин, Голубишин образованы по той же модели, что подтверждает реальность такого словообразования. Прозвища от названий птиц в крестьянской среде были очень распространены: они давались по внешности, повадкам или голосу.

Географически фамилия Синишин (и, соответственно, Синишина) тяготеет к южнорусским и украинским территориям, хотя встречается и в центральных областях. В дореволюционных переписях носители такой фамилии фиксировались в Курской, Воронежской губерниях, а также на Кубани. Это косвенно указывает на южнорусскую основу прозвища: в украинском языке суффикс -иш- более активен, чем в северных говорах.

Версия о происхождении от имени Синиша как варианта христианского имени Синесий (греч. «разумный») маловероятна: такие редкие календарные имена почти не оставили следа в массовых фамилиях, а птичья тема в прозвищах была обыденной. Таким образом, предок носительницы фамилии Синишина, скорее всего, получил уличное прозвище Синиша — за сходство с птицей, будь то рост, голос или характер. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного, и её женский вариант просто следует грамматическому роду носительницы.