Фамилия Сенишина — женская форма фамилии Сенишин, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища. Основа здесь — «Сениша». Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Семён (в просторечии — Сеня) или, реже, от имени Сидор (в форме Синя). Суффикс «-ин» (в мужском варианте «-ин», а не «-ов») указывает на принадлежность: «чей?» — сын Сениши, то есть потомок человека по прозвищу Сениша.

Сам суффикс «-иша» в прозвищах встречается нечасто. Обычно он придаёт оттенок увеличительности или шутливости. Сениша — это не просто Сеня, а, скорее, «большой Сеня» или «Сеня с характером». Такая модель словообразования характерна для западных и южных русских говоров, а также для украинского и белорусского языков, где прозвищные формы на «-иша» распространены шире, чем в северной Руси. Поэтому географически фамилия Сенишин (и Сенишина) скорее всего тяготеет к регионам бывшего Великого княжества Литовского — Смоленщине, Брянщине, а также к Украине и Беларуси.

Прозвище могло закрепиться за человеком не только из-за имени. В некоторых диалектах «сениша» — это пренебрежительное название сени (помещения между жилой частью дома и крыльцом), но такая версия маловероятна: скорее всего, это именно антропоним, а не топоним. Социальный статус первых носителей — вероятнее всего, крестьяне или мещане, поскольку фамилии на «-ин» от прозвищных форм в дворянской среде редки.

В современной России фамилия Сенишина встречается нечасто, но стабильно фиксируется в центральных и южных областях. Стоит отличать её от фамилии Сенина (от Сеня без суффикса) и Сенищева (от «Сенище» — ещё более увеличенная форма). Сенишина — редкий пример того, как просторечное уменьшительное имя с нестандартным суффиксом стало полноценной фамилией, сохранив отпечаток живой диалектной речи.