Фамилия Синиятуллина — женская форма фамилии Синиятуллин, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффикса. В русских фамилиях часто встречаются окончания -ов и -ин, но здесь мы видим тюркский формант -ин, который в данном случае не является русским патронимическим суффиксом (как в «Петров» — сын Петра). В фамилиях татарского и башкирского происхождения -ин нередко оказывается частью арабской или персидской основы, а не показателем принадлежности. В основе лежит мужское имя Синиятулла (вариант Синатулла, Синият), которое восходит к арабскому «сина'ат Аллах» — «творение Аллаха», «создание Божье». Имя это было распространено в среде мусульманского духовенства и образованных слоёв, потому что подчёркивало божественную природу человека.

Фамилия Синиятуллина практически не встречается за пределами Волго-Уральского региона, особенно в Татарстане и Башкортостане, а также среди татарских диаспор в Средней Азии. Это указывает на то, что предки носительницы фамилии были, скорее всего, татарами или башкирами, и фамилия закрепилась в XIX веке, когда у тюркских народов начали массово появляться наследственные фамилии по отцу. Интересно, что в метрических книгах и переписях XIX века имя Синиятулла нередко записывали с двойным «н» (Синниятулла) или с заменой на более привычное русскому уху «Синатулла», что порождало варианты написания фамилии.

Редкость фамилии объясняется и тем, что имя Синиятулла не было столь же популярным, как, например, Абдулла или Мухаммад. Оно считалось более книжным, философским. Поэтому носительниц фамилии Синиятуллина немного, и большинство из них — потомки людей, чьи отцы носили это редкое имя. Встречается также вариант Синиятуллин с ударением на последний слог, что характерно для татарского произношения, тогда как в русской среде ударение часто смещают на второй слог.