Фамилия Синтонен — яркий пример того, как география происхождения сразу решает вопрос с разбором. Это не русская и не славянская фамилия, а финская, и её стоит рассматривать в контексте прибалтийско-финской ономастики. В Финляндии и среди ингерманландских финнов (исторически проживавших на территории современной Ленинградской области) фамилии с суффиксом -nen столь же распространены, как в России фамилии на -ов. Суффикс -nen в финском языке — уменьшительно-притяжательный, часто указывающий на принадлежность к чему-то или происхождение из определённого места. Он примерно соответствует русскому суффиксу -ский/-ской (как в «озёрский» — от озера).

Основа фамилии — «Sinto-» или «Sint-». В финском языке слово «sintti» может быть диалектным вариантом, связанным с саамскими языками или с финским «sintti» — «цинк» (как металл), но такое значение маловероятно для фамилии. Гораздо убедительнее версия, что это топонимическая фамилия: она могла образоваться от названия места — например, от хутора или деревни Синто (Sinto) или от географического объекта. В Финляндии есть несколько мелких топонимов с корнем Sint- (например, Синтинмяки). Человека, который жил в таком месте или переехал оттуда, называли Синтонен — то есть «синтский», «выходец из Синто».

В России фамилия Синтонен встречается почти исключительно в тех регионах, куда в XVIII–XIX веках переселяли или где оседали финны-ингерманландцы: это Ленинградская область (особенно бывшие территории Ингерманландии), а также Карелия и Сибирь (места ссылок и переселений). В метрических книгах лютеранских приходов Петербургской губернии фамилия фиксируется с середины XIX века. В отличие от многих русских фамилий, она не указывает на род занятий предка (если только предок не был цинковых дел мастером, что маловероятно), а чётко говорит о его национальной и территориальной принадлежности.

Морфологически фамилия проста: корень Sint-, суффикс -onen. Ударение в финском языке всегда падает на первый слог: Синтонен. В русском языке ударение может смещаться по аналогии с другими фамилиями, но правильное — на первый слог. Если встретится вариант написания с одной «н» (Синтонен), это ошибка или описка — в финской модели удвоенная «н» в суффиксе -nen обязательна. Склоняется фамилия по второму склонению, как обычное существительное мужского рода: Синтонен, Синтонена, Синтонену и т.д.