Фамилия Синдонен — почти наверняка финская или карельская по происхождению. Об этом говорит суффикс -нен, один из самых распространённых в финской ономастике. В Финляндии и в регионах России с финно-угорским населением (Карелия, Ленинградская область) фамилии с окончанием на -нен образуют целый пласт: Виртанен, Мякинен, Корхонен, и в этом же ряду стоит Синдонен. Суффикс -нен часто указывал на принадлежность к роду или местности, примерно как русское «-ский» или «-ов».

Основа Синдо- — более редкая и неоднозначная. Скорее всего, она восходит к финскому диалектному слову или прозвищу. Одна из версий — связь с финским sinto или sintti, что в говорах могло означать «низкорослый», «мелкий», а в некоторых контекстах — «бродяга» или «бедняк». Другая, более прозаичная, — от карельского sintti («синица»), то есть прозвище могло быть дано за небольшую фигуру или подвижность, как птичка. Правдоподобнее выглядит версия с уменьшительным или пренебрежительным значением, так как фамилии от названий птиц в финской традиции встречаются, но чаще в форме типа «Тиайнен» (от tiainen — синица), а Синдонен — более редкая корневая форма.

В России фамилия Синдонен встречается почти исключительно в Карелии, Мурманской и Ленинградской областях, а также в среде петербургских ингерманландцев. Если предки были крестьянами или рыбаками из приграничных волостей, то фамилия могла закрепиться в XIX веке, когда финнам и карелам массово присваивали фамилии по шведскому или финскому образцу. Сословно носители Синдонен в основном относились к государственным крестьянам или мещанам, а не к дворянству — суффикс -нен почти не встречается в дворянских родах Финляндии, он характерен для простонародья.

Интересная деталь: в старой орфографии фамилию могли записывать как «Синдоненъ» или путать с похожей «Синдонен» через «д» и «т». Встречается и вариант «Синтонен», что подтверждает диалектную основу: чередование «д/т» в финских говорах — обычное дело. Так что Синдонен — это не искажённая фамилия, а местная норма произношения.