Фамилия Сидонен — редкий случай, когда географический корень вступает в спор с личным именем, а суффикс выдает национальность носителя. Перед нами типичная финская или карельская фамилия, образованная по модели, распространенной в восточной Финляндии и среди ингерманландских финнов. Суффикс -нен в финском языке указывает на принадлежность к роду или местности, примерно как русское -ов/-ев. В дословном переводе Сидонен означает «из рода Сидо» или «житель Сидо».

Основа фамилии, Сидо-, скорее всего, восходит к краткой форме крестильного имени Сидор. Имя Сидор — народная форма греческого Исидор, что значит «дар Исиды» (египетской богини). В русской среде имя было распространено, а в Прибалтике и Финляндии, где православные и лютеранские традиции переплетались, оно давало множество производных фамилий. Второй, менее вероятный вариант: фамилия могла возникнуть от географического названия — в Финляндии есть несколько мелких хуторов и озер с корнем Сидо, но это скорее исключение.

Исторически фамилии на -нен массово закреплялись за финскими крестьянами в XIX веке, в ходе административных реформ. Поэтому предок-носитель фамилии Сидонен — почти наверняка свободный земледелец, рыбак или лесоруб из Великого княжества Финляндского, а не дворянин. В России такие фамилии встречаются в основном в Ленинградской области и Карелии, куда переселялись ингерманландцы. Интересная деталь: в финском языке ударение всегда падает на первый слог, так что фамилия звучит как Сúдонен, а не Сидóнен.