Фамилия Сидоненко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс (а также его варианты -енк(о)) исторически выполнял роль отчества или указания на принадлежность к роду: буквально «маленький», «сын» или «потомок» такого-то. То есть Сидоненко — это «сын Сидона» или «потомок Сидона».

Основа фамилии — личное имя Сидон. Это неканоническая, разговорная форма канонического крестильного имени Сидор (от греческого Исидорос — «дар Исиды»). В украинской и южнорусской народной среде имя Сидор часто видоизменялось: давало формы Сидр, Сидь, Сидон. Суффикс -он в имени Сидон — уменьшительно-ласкательный или просторечный, как, например, в парах Иван — Ивон, Петр — Петрон. Таким образом, Сидон — это уменьшительное от Сидора, а Сидоненко — «внук» или «сын Сидона».

Географически фамилия Сидоненко наиболее плотно бытует в центральных и восточных областях Украины, особенно в Полтавской, Черкасской и Киевской. Это зона классического распространения фамилий на -енко, которые в XVI–XVII веках вытеснили здесь более древние окончания на -ович/-евич. В России фамилия встречается реже, обычно у потомков переселенцев с Украины.

Любопытная деталь: в отличие от более частых вариантов Сидоренко или Сидоров, форма Сидоненко сохранила редкую промежуточную ступень — не от полного имени, а от его народной уменьшительной формы. Это говорит о том, что прозвище или имя родоначальника (Сидон) было в ходу в конкретной местности, возможно, в одном селе или хуторе. Носитель фамилии может предполагать, что его предок не был официальным Сидором, а носил именно это обиходное имя, которое в метриках могло не фиксироваться.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Сидоненко — типичная крестьянская или казацкая фамилия. В реестрах Запорожского войска и переписях Гетманщины такие фамилии на -енко носили преимущественно рядовые казаки и посполитые (свободные крестьяне). Дворянской ветви с такой фамилией не зафиксировано.