Фамилия Сидонец — редкий случай, когда географическое прозвище почти наверняка перевешивает все остальные версии. В отличие от тысяч фамилий на -ец, образованных от названий профессий или этнонимов, эта цепляется за конкретную точку на карте: город Сидон (ныне Сайда в Ливане). В русской традиции так называли человека, побывавшего в дальних краях, — скорее всего, купца или паломника, вернувшегося из Святой земли. Библия и летописи хорошо знакомы с Сидоном, поэтому прозвище «Сидонец» звучало книжно и необычно, а не как бытовая кличка.

Модель образования прозрачна: основа «Сидон» плюс суффикс -ец, который в восточнославянской антропонимии указывал на выходца из определённого места (ср. Ростовец, Торопчанин, но здесь — по названию города, а не реки или области). Суффикс не родовой, а прозвищный: фамилию закрепили за первым носителем, который «ходил в Сидон» или, реже, торговал сидонскими товарами. Менее правдоподобна версия от греческого личного имени Сидон (встречается у византийцев), но для русского крестьянского или купеческого быта она слишком экзотична и не подтверждена источниками.

География фамилии сегодня — юг России и Украина, реже Беларусь. Это не массовая фамилия, её носители встречаются точечно, что косвенно подтверждает происхождение от единичного прозвища, а не от целого села. В сословном плане предки могли быть как мещанами (городское прозвище купца или ремесленника), так и казаками — в реестрах Запорожской Сечи изредка мелькают подобные «путевые» фамилии, данные за дальние походы.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Сидонов, Сидонин, Сидонский) показывает разницу: Сидонов — отчество от имени Сидон (канонического или мирского), а Сидонский — искусственная семинарская фамилия, нарочито «благородная». Сидонец же стоит особняком: это не отчество и не учёная выдумка, а живое прозвище, которое в XIX веке превратилось в фамилию без дополнительных суффиксов. В документах можно встретить варианты написания «Сидонец» и «Сидонэць» — в зависимости от диалекта, но корень остаётся неизменным.