Фамилия Сидонцев — редкий случай, когда географическое название намеренно или случайно «обрусело» с помощью типичного русского суффикса. В основе лежит библейский топоним Сидон (древний финикийский город, ныне ливанская Сайда). Однако прямой связи с Ливаном у носителей фамилии, скорее всего, нет: фамилия образовалась на русской почве, а не пришла из-за границы.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Суффикс -ев- присоединён к основе «Сидон-», но между ними вклинился суффикс -ц-, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к местности (как в фамилиях Тамбовцев, Ростовцев). То есть Сидонцев — это «выходец из Сидона» или «человек, связанный с Сидоном». Но в реальности так могли прозвать не уроженца Финикии, а крестьянина, который побывал в паломничестве в Иерусалиме и по дороге видел Сидон, или, что вероятнее, получил прозвище в семинарии. В духовных училищах XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам «географические» фамилии по библейским городам — Сидон, Содом, Гоморра. Так Сидонцев мог стать фамилией выпускника семинарии, которому «прописали» звучное книжное прозвище.

Есть и более приземлённая версия: прозвище Сидон мог получить человек с каким-то заметным качеством, которое ассоциировалось у односельчан с этим древним городом — например, торговец тканями (Сидон славился пурпуром) или просто гордец, которого дразнили «царём Сидонским». В пользу этого говорит то, что фамилия встречается в центральных русских губерниях, где никаких семинарий могло и не быть, а прозвища давали по случайным ассоциациям.

С точки зрения сословной принадлежности, Сидонцевы не были исключительно дворянами или крестьянами: фамилия фиксируется и в среде духовенства (семинарский след), и среди крестьян Тверской, Ярославской губерний. Ударение, судя по типичной модели, падает на второй слог: Сидо́нцев. Вариант с ударением на первый слог (Си́донцев) встречается реже и обычно указывает на то, что основа воспринималась как личное имя Сидон (возможно, от греческого «сидон» — род льна), но это уже совсем редкая ветвь.