Фамилия Сисюткин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти стёрлось из языка, но оставило чёткий след в суффиксе. Перед нами типичная русская фамилия на -ин, которая образуется от основ на -а/-я: Сисютка → Сисюткин. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Сисютки), а сама основа — уменьшительно-ласкательное или уничижительное имя или прозвище.

Корень «сис-» здесь не от «сиська» (грудь), как может показаться на первый взгляд. В русских говорах слово «сисюта» или «сисютка» фиксируется редко и, по всей вероятности, восходит к глаголу «сисеть» — в диалектах так говорили о том, кто сидит сиднем, медлителен или капризен. В словаре Даля встречается слово «сисюка» — плакса, нюня. То есть Сисюткой в крестьянской среде могли прозвать ребёнка или взрослого за медлительность, плаксивость или нелюдимость.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но допустимая: Сисютка — это искажённое крестильное имя Сисиний (от греческого «сисинос» — из Сиены, египетского города). В народе такие длинные имена часто сокращали до Сиса, Сисютки. Однако имя Сисиний было редким и в основном в среде духовенства, так что для большинства носителей фамилии прозвищное происхождение правдоподобнее.

Географически фамилия Сисюткин тяготеет к центральным и южнорусским областям, встречается в Тамбовской, Рязанской, Воронежской губерниях. Это косвенно подтверждает её диалектную основу: именно в этих краях «сисюкать» означало хныкать. В XIX веке носители фамилии числились в основном государственными крестьянами, реже — однодворцами. Сословной элиты среди Сисюткиных не было, что типично для фамилий от прозвищ с бытовым значением.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ин, основа на -ка (Сисютка), ударение, скорее всего, на втором слоге — Сисю́ткин, хотя в некоторых говорах могли ставить на первый. Однофамильцев у Сисюткиных мало, что делает фамилию хорошим маркером для генеалогического поиска: если она встречается в документах, это почти наверняка одна родственная ветвь.