Фамилия Ситянина — женская форма, но её носительницу, скорее всего, интересует происхождение мужского варианта Ситянин. В основе лежит прозвище или именование Ситя. Оно могло возникнуть от слова «ситный» — то есть относящийся к ситу, просеянный. В старину «ситой» называли хлеб, просеянный через сито, а «ситным» — человека, который его пёк или продавал. Вероятно, предок Ситяниных был пекарем или торговцем ситным хлебом — продуктом более высокого качества, чем простой ржаной.

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Ситянин, то есть сын, потомок Ситя. В северных и сибирских говорах, а также в некоторых старообрядческих общинах, фамилии на -ин и -ых (-их) особенно часты. Ситянин — фамилия не самая распространённая, но встречается в Вологодской, Архангельской областях и на Урале, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение.

Есть и более редкая версия: Ситя — уменьшительная форма от крестильного имени Сила или Силуан. В народе такие имена нередко сокращали до Сита, а от него уже образовывали прозвище Ситя. В пользу этой гипотезы говорит то, что в древнерусских документах встречаются прозвища Ситка, Сита, а фамилии от них — Ситкин, Ситин — фиксируются с XV века. Однако без привязки к конкретному региону и роду точнее определить корень сложно.

Фамилия Ситянина — яркий пример того, как профессиональное прозвище или бытовое имя закрепилось в родовом прозвании. Варианты написания с одним «н» (Ситянина) встречаются реже, но встречаются — это может быть следствием путаницы в документах или особенностей местного произношения.