Фамилия Сиукова — женская форма фамилии Сиуков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев обычно образуются от имён или прозвищ, оканчивающихся на согласный. Здесь основа — Сиук.

Самая прямая версия: Сиук — это вариант прозвища Сивый, то есть седой, белёсый. В диалектах слово «сивый» нередко произносили как «сиу́к» (с утратой интервокального «в» и стяжением). Такая фонетическая трансформация типична для северных и сибирских говоров, где «Сиук» могло означать либо седого человека, либо, в переносном смысле, старого и опытного. Соответственно, Сиуков — потомок человека по прозвищу Сиук.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «сиюк» или «сююк» значит «кость», «род». Однако для фамилии, бытующей преимущественно в русской среде, это объяснение спорно: обычно такие корни дают фамилии типа Сююков или Сиюков, а не Сиуков. Кроме того, географически фамилия Сиуковы встречается в основном в центральных и северных областях России, где тюркское влияние было слабым.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Сиуков. В XVI–XVII веках так называли крестьян и посадских людей, реже — служилых. Фамилия недворянская, не аристократическая, что подтверждается и её отсутствием в родословных книгах. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по уличному прозвищу.

В написании фамилии встречается вариативность: иногда пишут «Сиюков» (с буквой «ю» после «и»), но это, скорее, графическая ошибка или результат поздней паспортизации. Основной и исторически верный вариант — через «у»: Сиуков, Сиукова.