Фамилия Сизганова (мужской вариант — Сизганов) образована от прозвища или нецерковного имени Сизган. Основа здесь — прилагательное «сизый», то есть серо-голубой, пепельный. В русских говорах «сизый» часто относилось к цвету оперения птиц (сизый голубь) или к бледному, землистому оттенку кожи. Суффикс -ган- в прозвищах — редкая, но характерная для восточнославянской антропонимии модель. Она встречается в фамилиях вроде Болтуганов, Галганов, Долганов и указывает на усиление или пренебрежение: Сизган — «очень сизый», «сизый до неприятности». В ономастике этот суффикс относят к древним тюркским заимствованиям, но в русской среде он прирос к исконным корням, создавая экспрессивные прозвища.

По одной из версий, прозвище Сизган могло закрепиться за человеком с бледной кожей, сединой или за тем, кто держал сизых голубей. В некоторых регионах (Поволжье, Урал) «сизганом» называли самого голубя, и прозвище переходило на птицевода.

Фамилия Сизганов встречается редко. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также Поволжье (Самарская, Саратовская области). Это указывает на то, что фамилия могла сложиться в казачьей или крестьянской среде, где прозвища были особенно живучи. Родственные фамилии — Сизов, Сизяков, Сизых — образованы от того же корня, но с разными суффиксами, что подтверждает: основа «сиз-» была продуктивной для прозвищ.

Сословная принадлежность первых носителей не зафиксирована в открытых источниках, но по модели образования и географии можно предположить, что это крестьянская или мещанская фамилия. Дворянские роды с таким окончанием почти не встречаются.