Фамилия Скалигеров — редкий случай в русском ономастиконе. Она не образована от крестьянского прозвища, ремесла или имени, а восходит к знаменитой западноевропейской фамилии Скалигер (Scaliger). Её основа — латинизированная форма итальянской фамилии делла Скала (della Scala, «со ступени» или «с лестницы»). В средневековой Италии род делла Скала правил Вероной, а его учёные потомки — гуманист Юлий Цезарь Скалигер и его сын Жозеф Жюст Скалигер, один из основателей современной хронологии, — сделали фамилию общеевропейской.

Русский вариант Скалигеров — это не исконная фамилия, а искусственное образование. Скорее всего, её получили в духовных училищах или семинариях, где в XVIII–XIX веках было принято давать будущим священникам звучные фамилии в честь деятелей античности или европейских учёных. Семинарист, проявивший способности к истории или языкам, мог стать Скалигеровым — по аналогии с Цицероновым, Платоновым или Ливановым. Суффикс -ов здесь указывает на русское грамматическое оформление: фамилию привели к привычной модели «чей?» — «сын Скалигера».

Другая версия, менее вероятная, — что фамилию мог принять обрусевший потомок западноевропейских дворян, служивших в России. Но массового распространения этот род не получил. В истории известен, например, Александр Скалигеров, участник Первой мировой войны, но это единичные упоминания.

Таким образом, носитель фамилии Скалигеров почти наверняка происходит из среды русского духовенства или интеллигенции, а сама фамилия — не наследственное прозвище предка, а книжный след, связывающий её обладателя с эпохой Возрождения и спорами о времени.