Фамилия Скалий — редкий случай, когда написание подсказывает, где искать корни. Если бы фамилия была исконно русской, она скорее всего звучала бы как Скалов или Скалкин. Суффикс -ий указывает на польское или украинское происхождение, где такие окончания типичны для прилагательных и фамилий (Високий, Широкий, Трегубий).

В основе фамилии лежит либо прозвище, либо топоним. Самое прямое объяснение — от слова «скала». Человек мог получить прозвище Скалий за твёрдость характера, за проживание в скалистой местности или за работу с камнем. В польском языке есть слово «skała» (скала), а фамилия Skały или Skalny встречается в южных воеводствах. Украинская версия — Скалий, с ударением на второй слог, могла закрепиться за жителем села Скала или Скалівка, которых на Западной Украине несколько.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим словом «скалис» (копать, рыть) через семинарские фамилии. В духовных училищах иногда давали фамилии по латинским или греческим корням, но для Скалия это звучит натянуто: нет устойчивой традиции такой кальки.

Сословная принадлежность предков не восстанавливается: фамилия не массовая, не попала в дворянские родословные книги. Скорее всего, Скалии — потомки крестьян или казаков из западных губерний Российской империи, где фамилия встречается единичными вкраплениями. В советских справочниках её нет, что подтверждает редкость.