Фамилия Скалинский образована по распространённой модели с суффиксом -ский, который в восточнославянской традиции чаще всего указывал на дворянское происхождение или принадлежность к географическому объекту — селу или местности. Основа «Скал-» в таких фамилиях обычно восходит к названию населённого пункта вроде Скала, Скалин, Скальное — подобные топонимы встречаются на Украине, в Беларуси и на юге России. Например, село Скала в Винницкой области или Скалин в бывшей Минской губернии. Человек, получивший фамилию Скалинский, скорее всего, был либо помещиком, владевшим таким имением, либо выходцем оттуда — крестьянином или мещанином, которого переписчик записал по месту прежнего жительства.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищное происхождение. В русских говорах «скала» означала не только камень, но и скол, щепку, а также — в переносном смысле — худого, костлявого человека. Однако суффикс -ский для прозвищных фамилий нехарактерен: если бы предка прозвали Скалой, потомки стали бы Скалиными или Скаловыми, а не Скалинскими. Поэтому топонимическая версия убедительнее.

Фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не встречается. В польской ономастике есть фамилия Skaliński — её носители могли быть шляхтой герба Гриф, но русская ветвь Скалинских, скорее всего, не связана с этим родом и возникла независимо, от местных названий. Сравните с однокоренными Скалов, Скальский — они тоже немногочисленны и разбросаны по разным регионам, что подтверждает локальный характер фамилии.