Фамилия Скалихин образована по продуктивной, но не самой частотной модели с суффиксом -ихин. Если фамилии на -ов и -ин в центре России встречаются на каждом шагу, то -ихин — отчётливо северный и северо-восточный маркер. Такие фамилии особенно характерны для Архангельской, Вологодской, Вятской губерний и Пермского края. Суффикс -ихин указывает на принадлежность к роду по женской линии: буквально «чей?» — «Скалихина», то есть сын или потомок женщины по прозвищу Скалиха.

Основа фамилии — Скалиха. Это прозвище, в свою очередь, образовано от глагола скалить — «обнажать, показывать зубы, улыбаться или смеяться с оскалом». В русских говорах «скалить зубы» означало не только улыбаться, но и насмехаться, злорадствовать, а то и просто огрызаться. Женщину с таким прозвищем могли назвать за постоянную усмешку, за привычку огрызаться в разговоре или за едкий, язвительный нрав. В северных говорах слово «скала» (женского рода) имело значение «насмешница», «зубоскалка» — и прозвище Скалиха могло закрепиться именно за ней.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом скала — «берестяная лента», «лучина» или «щепка». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который занимался лущением бересты или изготовлением лучины. Но эта версия слабее: прозвище Скалиха скорее указывает на характер, чем на ремесло, а суффикс -их- в женских прозвищах чаще всего привязан к поведенческой черте.

Фамилия Скалихин — редкая. Она не попала в списки массовых дворянских или купеческих родов, а её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми Русского Севера. В современных справочниках фамилия встречается преимущественно в Кировской области и Пермском крае — что полностью подтверждает её северное происхождение.