Фамилия Скалисусова — редкая и необычная для русского уха. Её основа не славянская, что сразу выдаёт в ней либо искусственное происхождение (например, семинарскую фамилию), либо адаптированную на русский манер иноязычную фамилию. Форма Скалисусова — женский вариант, мужской будет Скалисусов.

Ключ к разгадке — суффикс -ус-. В русских фамилиях он почти не встречается, зато характерен для латинизированных фамилий, которые в XVIII–XIX веках давали выпускникам духовных семинарий. Будущим священникам часто меняли фамилии на более «благозвучные» и книжные, переводя на латынь или греческий. Основа «скалис» может быть связана с латинским scalis (лестница, ступень) или scalus (слуга, раб), но более вероятно, что это искусственная конструкция от слова «скала» — твёрдая порода, утёс. В таком случае Скалисус — это «каменный», «твёрдый как скала», что вполне в духе семинарских переделок фамилий вроде Каменев → Петреус или Камский → Лапидус.

Вторая версия, менее правдоподобная, — что фамилия произошла от прозвища или имени на -ус из западных или южнославянских языков (например, польского или болгарского), где такие окончания встречаются чаще. Однако в польском Scalissus не зафиксирован, а в русских говорах слова «скалис» нет. Поэтому основная гипотеза — семинарская фамилия, образованная от корня «скал-» с латинским суффиксом -us.

География фамилии крайне узкая. Скалисусовы встречаются в основном в центральной России и Поволжье, что совпадает с ареалом бывших духовных училищ. Носители, скорее всего, потомки церковнослужителей или сельских священников. Сословно фамилия не дворянская — в родословные книги такие «книжные» фамилии не попадали, если только носитель не выслужил личное дворянство на гражданской службе.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Скалов, Скалкин, Скальский) показывает, что Скалисусова стоит особняком: у неё нет «живого» прозвища в основе, только книжная выдумка. Это делает её уникальным примером того, как в XIX веке создавали фамилии «из головы», а не из быта.