Фамилия Скараева — женская форма мужской фамилии Скараев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Скарай. Основа здесь — корень «скар-», который в русских говорах имеет несколько значений, и каждое из них могло лечь в основу фамилии.

Самая вероятная версия связывает прозвище Скарай со словом «скара» — так в некоторых диалектах называли скарб, имущество, пожитки. Человек мог получить такое прозвище за бережливость, хозяйственность или, наоборот, за прижимистость. В говорах встречается и глагол «скарить» — копить, сберегать. В этом случае Скараев — потомок того, кого в округе знали как рачительного хозяина.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским именем Искар или Искара, которое в русской среде могло сократиться до Скара. Для южных и восточных регионов России, где были сильны татарские и башкирские влияния, такие переходы не редкость. В этом случае фамилия указывает на происхождение от человека с тюркским именем, которое со временем обрусело.

С точки зрения словообразования, фамилия Скараев следует типичной модели: основа «Скара-» плюс патронимический суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — Скараев). Суффикс «-ев», а не «-ов», ставится после мягких согласных и шипящих, что в данном случае естественно для окончания «-ай».

Фамилия редкая и географически привязана в основном к Поволжью и Уралу — регионам, где диалектное слово «скара» было в ходу и где исторически смешивались славянские и тюркские традиции именования. Встречаются Скараевы в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Самарской областях. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — мещанами, так как фамилия не имеет дворянских окончаний и не встречается в родословных книгах знати.