Фамилия Скараин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая вероятная версия отсылает к греческому слову «скарабеос» — жук-скарабей. В этом случае прозвище Скарай или Скара мог получить человек, чем-то напоминавший это насекомое: возможно, смуглый, черноволосый, суетливый или, напротив, упорный и трудолюбивый, как жук-навозник, которого в Древнем Египте почитали как символ солнца и возрождения. Такое прозвище могли дать в среде греческого или южнославянского населения, а затем, при переселении или через церковные книги, оно попало в восточнославянскую среду.

Словообразовательная модель проста: основа «Скара» (или «Скарай») плюс фамильный суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Скараин», то есть сын или потомок Скары. Такая модель типична для прозвищ и нецерковных имён, оканчивающихся на -а или -я. Если бы исходное прозвище звучало как Скарай, то фамилия могла бы принять форму Скараев, но вариант на -ин встречается и для основ на -ай (сравните: Мамай — Мамаин, хотя чаще Мамаев).

Менее вероятна, но возможна связь с итальянским словом scarabocchio — «каракули, мазня». В этом случае прозвище мог получить писарь или иконописец, работавший небрежно. Однако такое объяснение требует серьёзных миграционных допущений и не подкреплено массовым бытованием фамилии на юге России, где итальянские влияния единичны.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных справочниках и современных базах данных она почти не встречается, что говорит либо о малом числе носителей, либо об утрате при советских паспортизациях. Географически можно предположить южнорусские или украинские корни, где греческое влияние через торговлю и церковь было сильнее, чем в центральных губерниях. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, поэтому реконструкция опирается только на лингвистику и логику прозвищ.