Фамилия Скаткина — женская форма фамилии Скаткин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Скатка. Слово «скатка» в русских говорах имело несколько значений. В первую очередь, это уменьшительное от «скат» — покатый спуск, склон, а также свёрнутый в рулон кусок ткани или войлока. В северных и центральных губерниях «скаткой» называли валенок или катанку, а в некоторых диалектах — плотный ряд, кучу, вал. Таким образом, прозвище Скатка мог получить человек, живший на склоне холма, либо тот, кто занимался валянием обуви, либо просто плотный, коренастый мужчина.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Скаткин буквально означало «сын Скатки» или «человек из рода Скатки». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от названий профессий или имён на твёрдый согласный, -ин присоединялся к основам на -а/-я. Поэтому Скаткин — потомок человека по прозвищу Скатка.

Встречается и альтернативная, менее вероятная версия: от глагола «скатать» в значении «собрать в дорогу», «свиться». В таком случае Скаткой могли назвать торопливого, собирающегося в путь человека. Однако диалектная география и устойчивость прозвищ, связанных с рельефом или ремеслом, делают первую версию более убедительной.

Среди однокоренных фамилий — Скатов, Скатников, Скатцев. Скаткины, вероятно, крестьянского или мещанского происхождения: прозвище не указывает на высокий социальный статус. В документах фамилия фиксируется с XVII века в основном на Русском Севере и в Поволжье. В современной России Скаткины встречаются в Архангельской, Вологодской областях и в Татарстане. Точных данных о дворянском роде Скаткиных нет — фамилия оставалась в основном народной.