Фамилия Скаунова — женская форма, а её мужской вариант — Скаунов. В русской традиции такие фамилии почти всегда образуются от прозвища или имени предка с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Скауна.

Корень здесь неочевидный и редкий. Прямой аналогии с распространёнными словами нет. Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «скауть» или «скавывать» — в некоторых северных и сибирских говорах это значило «скрести», «скоблить», «чистить». Прозвище Скаун могли дать человеку с соответствующей профессией или привычкой: например, бондарю, который скоблил доски, или рыбаку, чистившему улов. В ономастике это объяснение поддерживается тем, что фамилии на -ун, как Скаунов, часто возникали от глагольных основ, обозначающих действие (ср. Болтунов, Крикунов, Шептунов). Скаун — тот, кто скаует.

Вторая, менее вероятная гипотеза — иноязычное происхождение. Скауновы могли получить фамилию от топонима или личного имени, занесённого переселенцами из Прибалтики или с финно-угорского севера. Например, в эстонском языке есть слово «skau» (бродяга, разведчик), но оно заимствовано из немецкого и вряд ли легло в основу русской фамилии раньше XIX века. Для исконной русской фамилии диалектный глагол выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается редко, но её следы прослеживаются в старых переписях Псковской и Новгородской губерний — как раз в зоне бытования северных говоров. Это косвенно подтверждает версию о местном прозвище. Сословной привязки нет: Скауновы могли быть и крестьянами, и мещанами — фамилия не содержит указаний на дворянство или духовенство.

По модели образования фамилия относится к типичным русским «прозвищным» фамилиям: основа — имя-характеристика, суффикс -ов. Интересно, что в документах XIX века встречается написание «Скауновъ» с твёрдым знаком на конце, что нормально для дореволюционной орфографии, но не меняет этимологии.