Фамилия Скегина — женская форма, мужская — Скегин. В глаза сразу бросается необычная основа: в русских фамилиях корень «скег-» встречается редко, и это ключ к происхождению. Скорее всего, перед нами не великорусская, а украинская или белорусская фамилия, попавшая в общерусский обиход. Суффикс -ин указывает на модель «чей?»: Скегин — сын Скеги, то есть прозвище или имя отца легло в основу.

Самая вероятная версия связывает фамилию с украинским словом «скег» — так в некоторых говорах называли рыбу, обычно мелкую щуку или окуня, иногда — костлявую, худую рыбу. Прозвище Скега могли дать рыболову, торговцу рыбой или человеку с характерной внешностью (худой, «костлявый»). В украинской ономастике есть параллельные фамилии: Скега, Скегун, Скегін. В русских говорах слово «скег» тоже встречается, но реже и с другим значением — так могли называть задиристого, сварливого человека (от диалектного «скегаться» — ссориться, браниться). Обе версии правдоподобны, но первая (рыбная) подкрепляется большим количеством однокоренных фамилий на юго-западе бывшей Российской империи.

Есть и более редкая гипотеза: от личного имени Скега как уменьшительной формы от Скелиг, Скель — вариантов крестильного имени Сила (от лат. silva — лес) или Стефан. Но это маловероятно: в святцах таких производных нет, а прозвищный путь для фамилии Скегина выглядит естественнее. Географически фамилия встречается в основном на Украине и в южных областях России, а также среди потомков переселенцев в Сибири. Сословного барьера у неё не было: носителями могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане — прозвище не указывало на знатность, а лишь на занятие или черту характера предка.