Фамилия Скиртун — один из тех редких случаев, когда корень слова сразу подсказывает, чем занимался предок. В основе лежит украинское или белорусское «скирта» — большая кладь сена или соломы, уложенная особым образом для хранения под открытым небом. Суффикс -ун в восточнославянских фамилиях и прозвищах указывает на деятеля: он характерен для украинского и белорусского языков (сравните «стригун», «бігун»). Следовательно, Скиртун — это человек, который скирдует сено, то есть укладывает его в скирды. Профессиональное прозвище закрепилось за крестьянином, чья работа требовала особой сноровки: неправильно сложенная скирда могла промокнуть и сгнить.

Географически фамилия тяготеет к западу России и востоку Беларуси — к зоне подсечного земледелия и лугового сенокоса, где заготовка сена была основой зимнего содержания скота. Встречается в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Могилёвской и Витебской областях Беларуси. Способ образования — без патронимического суффикса (-ов, -ев, -ин), что для восточнославянских фамилий редкость: это говорит о том, что прозвище Скиртун перешло в фамилию напрямую, минуя этап «сын Скиртуна». Такая модель типична для украинской и белорусской ономастики, где фамилии часто оканчиваются на -ун, -ук, -енко.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с диалектным глаголом «скиртать» — «греметь, грохотать» (в некоторых говорах Псковщины). Тогда Скиртун мог получить прозвище за шумный нрав или громкий голос. Но эта гипотеза слабая: глагол редкий, а связь с сельскохозяйственным термином «скирда» — прямая и очевидная, поэтому профессиональное происхождение фамилии стоит признать основным.

В документах XIX века фамилия Скиртун фиксируется в основном среди государственных крестьян — то есть лично свободных, но приписанных к казённым землям. Дворянских родов с такой фамилией нет, что подтверждает её «рабочий» корень. В современной России носителей немного — не более нескольких сотен человек, и большинство по-прежнему живёт в тех же регионах, где их предки столетиями укладывали сено в скирды.