Фамилия Скоропупов, как и её более редкий вариант Скоролупов, хранит память о прозвище дальнего предка. В основе лежит прозвище Скоропуп, которое состоит из двух частей: «скор» (от прилагательного «скорый») и «пуп». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. Даля «скорый» определяется как «спешный, торопкий, немедленный». А вот слово «пуп» в старину значило не только «пупок» или «живот», но и обозначало любую выпуклость. В некоторых северо-западных диалектах ласковое обращение «пупа» применяли к детям.

Из этого сочетания значений исследователи выводят несколько возможных портретов человека, получившего такое прозвище. Самое простое объяснение — Скоропупом называли того, кто жадно и быстро ел. Но не менее правдоподобно, что так могли сказать о мальчике, родившемся раньше срока, ведь «скорый» тут означает «преждевременный». Наконец, прозвище могло закрепиться за невысоким полным человеком с заметным выпуклым животом — здесь «пуп» выступает как раз в значении «выпуклость».

Модель образования фамилии типична для русской ономастики: к прозвищу Скоропуп добавили притяжательный суффикс -ов, и потомки получили отчество-фамилию Скоропуповы. Такой способ формирования фамилий был массовым в XV–XVII веках, когда прозвища отцов закреплялись за детьми и внуками. Судя по составу основы, фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей, где бытовые прозвища, метко подмечавшие внешность или привычки человека, были обычным делом.