Фамилия Скрегин довольно редкая, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или профессией, а не с крестильным именем. Основа фамилии — «скрег» или «скрега», слово, которое в русских говорах имело несколько значений. В первую очередь, «скрега» — это скряга, скупой человек. Однако в псковских и тверских диалектах «скрегой» называли также скрипучий предмет или человека, который постоянно ворчит, «скрипит». Модель образования проста: к основе на -а добавили патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Скреги).

Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище Скрега за характер — за скупость или за въедливость, за привычку жаловаться и «скрипеть» по любому поводу. В русской ономастике фамилии на -ин от прозвищ с таким корнем встречаются, но Скрегин стоит особняком из-за редкости основы. Сравните с чуть более известной фамилией Скребец (от «скрести»), но здесь иная семантика.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с географическим названием. В Белоруссии есть деревня Скреги (Скрегі), и выходец оттуда мог получить фамилию по месту жительства. В этом случае ударение, вероятно, падало бы на первый слог — Скрегин, что тоже встречается. Однако для русского уха привычнее ударение на второй слог, что больше соответствует прозвищной модели.

Сословная принадлежность Скрегиных не определена однозначно. Фамилия не встречается в родословных книгах дворянства, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В дореволюционных записях Скрегины изредка фиксируются в южных губерниях России, а также на границе с Белоруссией. Это подтверждает связь либо с диалектной лексикой, либо с белорусским топонимом. Сегодня фамилия остаётся малочисленной, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска — найти своих предков по такой фамилии проще, чем по распространённой.