Фамилия Скрипкюнас — литовского происхождения, что сразу видно по характерному суффиксу -юнас (лит. -iūnas). В литовской антропонимии этот суффикс указывал на происхождение или принадлежность, примерно как русское «сын такого-то». Поэтому Скрипкюнас буквально означает «сын Скрипки» или «потомок Скрипки», где Скрипка — не музыкальный инструмент, а прозвище или фамилия отца.

Основа фамилии — Скрипк- — может быть как литовского, так и славянского корня. В литовском языке есть глагол skripioti (скрипеть, хрустеть) или skripinti (играть на скрипке). Однако куда вероятнее, что перед нами полонизированная или белорусская форма: в польском и белорусском «скрипка» — то же, что и в русском, то есть музыкальный инструмент. В Великом княжестве Литовском, куда входили современные Литва, Беларусь и часть Польши, фамилии на -юнас часто давали по прозвищу отца, а прозвище Скрипка мог получить скрипач, мастер по изготовлению скрипок или просто человек со скрипучим голосом.

Словообразовательная модель здесь проста: прозвище Скрипка → патроним Скрипкюнас. В литовской традиции такие фамилии на -юнас встречаются реже, чем на -итис или -авичюс, но они устойчивы в северо-восточных регионах Литвы, особенно в Жемайтии. Если ваш предок носил фамилию Скрипкюнас, он почти наверняка был литовцем, возможно, из местечка, где говорили по-польски или по-белорусски, но записали фамилию на литовский лад.

Встречаются и варианты написания: Скрипкюнас, реже Скрипкюнис. В русских документах XIX века фамилию могли русифицировать, превратив в Скрипкюнов, но исходная форма сохранилась у литовских эмигрантов. Других версий происхождения, кроме прозвищной, нет — это не топонимическая и не искусственная фамилия, а чисто бытовая, от занятия или свойства человека.