Фамилия Скрижалин отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного прозвища Скрижаль: так в старину могли назвать человека, а его дети и внуки становились Скрижалиными. Основа прозвища — нарицательное «скрижаль». По словарю Владимира Даля, это доска или плита с письменами; в переносном смысле — то, куда записывают памятные события, даты и имена. Но у слова есть и более глубокий, сакральный смысл, который, скорее всего, и определил прозвище.

В иудаизме и христианстве скрижали — это две каменные плиты, на которых Бог начертал десять заповедей и передал их Моисею на горе Синай. Спустившись к народу и увидев поклонение золотому тельцу, Моисей в гневе разбил эти плиты. Затем по Божьему велению он высек из камня новые скрижали и поднялся с ними на гору во второй раз, и на них были начертаны те же слова. Изображение Скрижалей Завета стало важным символом: его помещают над ковчегом со свитками Торы в синагоге, обычно с первыми буквами еврейского алфавита или первыми словами заповедей. Под влиянием христианского искусства итальянского Ренессанса скрижали почти во всех странах стали изображать как страницы раскрытой книги с дугообразным верхом.

В православной традиции скрижалью называли также нагрудник на мантии архиерея или архимандрита. Поэтому прозвище Скрижаль, скорее всего, получил человек, связанный с церковью, — либо служитель, либо прихожанин, известный своей глубокой набожностью. Менее вероятно, что прозвище относилось к писцу или человеку грамотному, который «хранил» важные сведения, но и эту версию полностью исключать нельзя. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Скрижалин — это потомок Скрижаля. Фамилия редкая и книжная по своему происхождению: она не связана с ремеслом или местностью, а отсылает к библейскому символу и церковной культуре, что выделяет её среди множества русских фамилий, образованных от мирских имён и занятий.