Фамилия Скрижинецкий — одна из тех, где на первый план выходит суффикс, а не корень. Окончание -цкий (в польском варианте часто — -ski) указывает на дворянское или шляхетское происхождение, причём не обязательно польское. В Речи Посполитой, куда входили земли современной Беларуси и Украины, фамилии на -ский носили люди, владевшие землёй или происходившие из определённой местности. То есть предок Скрижинецкого, скорее всего, был мелким шляхтичем или землевладельцем.

Основа фамилии — Скрижин — может быть связана с географическим названием. На западе Украины и юго-востоке Польши встречаются сёла с похожими именами: Скрижин (Skrzyżyn) или Скрижинец (Skrzyżyniec). Корень скриж- (польск. skrzyżować — скрещивать, пересекать) отсылает к перекрёстку, распутью. В старину так называли место, где сходились дороги, или перекрёсток на границе владений. Фамилия Скрижинецкий буквально означает «тот, кто из Скрижина» или «живущий у перекрёстка».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «скриж» или «скрижа» — это старинное слово для обозначения креста (от латинского crux). В этом случае прозвище могло относиться к человеку, жившему у придорожного креста, или к тому, кто носил крест в церковной процессии. Но эта гипотеза слабее: топонимическое происхождение (от названия места) для фамилий на -цкий встречается гораздо чаще.

Фамилия не слишком распространена и тяготеет к западным регионам: Волынь, Подолье, Галичина. В России её носители — потомки переселенцев или беженцев времён разделов Польши. Интересно, что в документах XIX века встречаются варианты написания: Скржинецкий, Скрыжинецкий — буква «ж» иногда заменялась на «рж», что ближе к польской орфографии. Это лишний раз подтверждает связь с польско-литовской традицией формирования фамилий.