Фамилия Скузин входит в обширный пласт русских фамилий, образованных от личных прозвищ. В её основе лежит прозвище или, возможно, древнее языческое имя Скуза. В некоторых диалектах украинского языка это слово означает «извинение», «оправдание», «отговорка». Если исходить из этой версии, прозвище указывало на манеру поведения: предок либо извинялся по любому поводу, либо, напротив, всегда находил себе оправдание в спорной ситуации. Такая черта легко закреплялась за человеком в небольшой общине, где все знали друг друга, и переходила в его потомков.

Существует и вторая, более редкая трактовка. Согласно ей, Скуза — не прозвище, а личное имя, которое давали ребёнку, родившемуся у женщины, долгое время считавшейся бесплодной. Само появление младенца становилось для матери своеобразным оправданием перед родом и соседями. Имя-оберег с таким смыслом должно было защитить и мать, и дитя от пересудов. Обе версии сходятся в главном: корень слова связан с понятием оправдания, что и определило смысловое ядро фамилии.

Словообразовательная модель проста: к основе Скуз- добавлен патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность потомку человека по имени или прозвищу Скуза. Такой тип фамилий, отвечающих на вопрос «чей ты будешь?», был широко распространён в северных и центральных русских землях, хотя сама основа встречается и в южнорусских говорах. Родственные фамилии — Скузов, Скузовников — встречаются реже, что делает Скузиных довольно компактной фамильной группой.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс закрепления прозвищ за потомками растянулся на несколько столетий и шёл неравномерно в разных регионах. Можно лишь утверждать, что фамилия сформировалась не ранее XV–XVI веков, когда подобные патронимические формы стали передаваться по наследству. Несмотря на кажущуюся простоту, Скузин — заметный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в одном слове и диалектное наречие, и бытовую психологию предков.