Фамилия Сквородина — одна из тех, где суффикс -ин указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Мужская форма — Сквородин, женская — Сквородина. В основе лежит слово «скворода», которое в старых русских говорах значило «сковорода». Звук «в» в начале многих слов исторически мог чередоваться или исчезать, и «скворода» — это вполне реальный диалектный вариант, зафиксированный в северных и сибирских говорах. Так что прозвище Скворода (или Сковорода) давали человеку, который имел какое-то отношение к этому предмету: мог быть поваром, кузнецом, делавшим сковороды, или просто обладал круглым, приплюснутым лицом, напоминавшим сковороду.

Вторая, менее очевидная версия связывает фамилию с птицей скворец. В некоторых говорах «скворода» могло быть искажённым «скворец» или производным от него, но лингвисты считают этот вариант менее убедительным: суффикс -ин от названий птиц обычно даёт фамилии типа Скворцов, а Сквородин явно держится на основе «скворода». Однако полностью исключать смешение двух корней в крестьянской среде нельзя — в народной этимологии птицу могли переделать в «сквороду» по созвучию.

Географически фамилия Сквородин и её формы чаще встречаются на Русском Севере, в Вологодской, Архангельской областях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли свои говоры. В центральных регионах преобладает вариант Сковородин, с тем же значением. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и посадские люди, ремесленники. В дворянских родословных книгах фамилия не фиксируется, что подтверждает её чисто бытовое, прозвищное происхождение.

У фамилии есть и редкая омонимичная форма — от женского имени Скворода, которое могло быть языческим или охранительным (чтобы ребёнок был незаметным для злых сил, как «скворода» — простой, домашний предмет). Но в подавляющем большинстве случаев корень — именно кухонная утварь, что делает фамилию Сквородина близкой к Сковородникову, Сковородкину и другим «сковородным» однокоренным фамилиям.